¿cual es la manera correcta de instalar, conectar y desconextar dispositivos en una pc?

El órden no importa, solamente lo que debes considerar es si utilizas teclado y mouse PS2 conectarlos antes de arrancar la PC para que sean reconocidos, así como algún dispositivo serial que hubiera (aunque ya son raros) por todo lo demás que va en puertos USB no tienes problemas a menos que el fabricante te especifique algún proceso especial como es el de algunas tarjetas de red inalámbricas que te piden instalar primero el controlador, apagar la PC, instalar físicamente la tarjeta y reiniciar.